Matrikelkortets nøjagtighed afhænger af det baggrundsmateriale, der er anvendt ved fremstilling af kortet. Nogle skel er indlagt efter måling og har en nøjagtighed på +/- 0,4 m. Andre skel er indlagt på grundlag af en digitalisering af de oprindelige matrikelkort, der er opmålt i slutningen af 1700-tallet. Her er nøjagtigheden varierende og kan i enkelte tilfælde være +/- 20 m.
Matrikelskellene følger ikke altid de synlige grænser i marken. Ved at sammenstille med tekniske og topografiske kortværker vil der ofte være uoverensstemmelser. Det skyldes ikke nødvendigvis kortets unøjagtighed. Det kan også skyldes, at f.eks. en hæk ikke er plantet lige netop i skellet, eller at der i praksis er sket ændringer, uden at landinspektøren har været ude og måle op på ny.